A exposição permanente do Teatro Romano circunscreve-se ao edifício com o nº 5 do Pátio do Aljube, imóvel seiscentista que pertenceu ao Cabido da Sé. Aí se apresentam algumas peças, sobretudo elementos arquitectónicos, que terão adornado o espaço cénico em época romana. Mas a área abrangida por este Museu abarca uma multiplicidade de zonas onde têm sido levado a cabo diversas intervenções arqueológicas e que, por tal motivo, se transformam também em áreas expositivas. Nesses locais encontram-se expostas algumas das peças aí exumadas, as quais se enquadram, na sua grande maioria, em contextos dos sécs. XVIII/XIX, reportando-se a contextos ocupacionais que se sobrepuseram às ruínas do teatro ou na sua envolvente.

 A exposição do Museu do Teatro Romano abrange, assim, várias vertentes onde se mesclam a componente expositiva e a de investigação. Se no piso inferior do Museu se expõem múltiplas peças que pertenceram ao monumento, atribuindo-se um especial destaque aos elementos arquitectónicos, como é o caso de fustes, entablamento, bases, capitéis, as restantes áreas do Museu do Teatro Romano encontram-se em constante mutação mercê das várias intervenções arqueológicas que têm vindo a ser implementadas ao longo dos anos. Devido a este facto, o desenvolvimento da investigação faz surgir diferentes perspectivas e novas interpretações, trazendo à luz novos vestígios, múltiplos objectos, diferentes estruturas que permitem desvendar, pouco a pouco, distintos contornos de uma história que dia a dia se enriquece: a história do Teatro Romano e a história da própria cidade.