Em 1998, a apresentação do Projecto “Teatro Romano - Programa de Recuperação e Valorização” constituiu um momento decisivo para o início de uma nova etapa de trabalhos, nomeadamente:

• Investigação histórica e respectiva divulgação científica; 
• Conservação e restauro das ruínas já colocadas a descoberto;
• Intervenções arqueológicas, a implementar nos locais abrangidos pelas obras decorrentes da instalação do museu; 
• Projecto de musealização das ruínas; 
• Integração urbana e reabilitação da envolvente;
• Criação do Museu do Teatro Romano;

No âmbito deste Programa, teve início em 2001 um novo Projecto de Intervenção Arqueológica, marcando mais um passo decisivo na história do monumento e na tentativa de o restituir à cidade.

O Museu do Teatro Romano encontra-se instalado num edifício do séc. XVII, modificado no séc. XX, altura em que lhe foi acrescentado um piso. Aqui funcionou o Teatro do Aljube (c. 1914) e posteriormente uma fábrica de malas (c. 1936). As obras de adaptação do edifício a Museu colocaram em evidência uma estrutura característica da arquitectura industrial.

 O Museu do Teatro Romano, inaugurado em 2001, teve Projecto Museológico da autoria de Ana Cristina Leite (Divisão de Museus e Palácios da Câmara Municipal de Lisboa).

O projecto de arquitectura, da autoria de Daniella Ermano, integrou no percurso do Museu as novas estruturas arqueológicas que, no decurso do programa de investigação e reabilitação, foram colocadas à vista. Deste modo, a visita ao Museu do Teatro Romano é, simultaneamente, uma descoberta do espaço edificado e uma redescoberta dos múltiplos vestígios, de diferentes épocas, que têm vindo a ser colocados à vista.